이 시대는 그 어느 때보다 복음에 기초한 기독교의 선교운동을 절실하게 요구하고 있다. 주안대학원대학교는 다양한 분야의 전문능력을 갖춘 맞춤 교육을 시행함으로서 민족 복음화와 세계 선교를 위한 전문 선교지도자 양성을 목표로 한다. 그리스도의 사랑과 섬김의 봉사정신으로 복음 사역에 필수적인 인재 육성에 힘을 다하여 인류사회의 발전과 복지, 평화를 구현하는 선교적 사명을 완수하고자 한다. 이에 주안대학원대학교 헌장을 제정 공포하여 교육 및 연구기관으로서 국가와 인류사회에 대한 책무를 다할 것을 선언한다.
주안대학원대학교(이하 “본교”라 한다)는 대한민국 교육이념과 기독교 정신에 입각하여 민족복음화와 세계선교를 위한 전문지식을 갖추도록 교육하고, 진취적인 학문연구와 사회봉사를 통하여 국가와 인류사회 발전에 기여한다.
본교의 교육목표는 선교, 학문, 경건이다. 선교는 온전한 헌신, 학문은 온전한 교육, 경건은 온전한 신앙이다. 온전한 헌신을 위하여 본교는 맞춤교육, 맞춤선교, 맞춤헌신을 지향한다. 즉, 학생 개개인의 잠재적 가능성을 극대화시키기 위한 개인별 맞춤교육을 시행하며 각 선교 현장에서는 그들의 문화와 역사, 사회적 특성과 필요에 적합한 맞춤선교를 실천할 수 있는 전문적 선교전략을 개발할 수 있도록 능력을 배양한다. 그리고 이러한 전문적 선교를 실천하기 위하여 자신의 특기와 재능을 연계한 온전한 헌신을 할 수 있도록 교육한다.